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美剧《国土安全局》第二季讲述的是美国中央情报局特工卡莉调查恐怖主义袭击威胁的事情。

卡莉在第一季结尾选择了电击疗法，第二季开篇就是电击疗法后第六个月，那时卡莉正在努力寻找自己丢失的记忆，布洛迪还在为恐怖组织做事，潜伏在中情局。

卡莉原本已经过上了平淡的生活，但由于局势紧张，卡莉再度被启用，被要求去黎巴嫩执行任务，尽管大家都不同意卡莉重返贝鲁特，但卡莉还是回去了。

卡莉和布洛迪的悲剧爱情还在继续，但布洛迪已经引起了卡莉和索尔的怀疑。布洛迪泄露了抓捕纳齐尔的计划，只击毙了纳齐尔的助理和副官。

索尔和大卫还在悄悄怀疑卡莉的精神状态，对卡莉是否能顺利完成任务持怀疑态度，这让卡莉差点精神崩溃。而且卡莉重新回到中情局感到很不适应。

布洛迪和妻子杰西卡之间的矛盾越来越大，尽管有了两个孩子，但布洛迪和杰西卡已经形同陌路，杰西卡也和布洛迪好友麦克交往了，布洛迪和卡莉之间的感情也没有明确。

布洛迪基地组织间谍的身份被曝光，卡莉主动策反布洛迪，让布洛迪变成双面间谍，为中情局效力，假意为基地组织工作，可基地组织早有准备，布洛迪很难洗刷冤屈。